Paraziți apicomplexan protozoan. (PPT) Protista | Adriana Celan - ceas-mana.ro - Paraziți apicomplexan protozoan

paraziți apicomplexan protozoan

Revizuirea genomilor de referință ai speciilor de criptosporidiu patogen uman: reannotarea c. Ambele provoacă o diaree autolimitantă la persoanele imunocompetente, dar cauzează o boală care poate pune viața în pericol la imunocompromis. În ciuda importanței acestor agenți patogeni, un singur genom de referință din fiecare a fost analizat și publicat.

Acești doi genomi de referință au fost secvenționați utilizând secvențial capilar automatizat; deocamdată, nicio tehnologie de secvențiere de generație următoare nu a fost aplicată pentru a îmbunătăți ansamblările și adnotările.

Pentru C. În studiul de față, am folosit tehnologia de generație următoare pentru a analiza ADN-ul genomic și ARN pentru a genera o nouă secvență de genom de referință a unei tulpini de C.

Introducere Cryptosporidium spp.

Paraziți de veveriță roșie.

În prezent, 26 de specii cu o gamă largă de gazde, inclusiv vertebrate de la pești la mamifere, sunt recunoscute de comunitatea științifică 1. Deși au fost raportate infecții umane cu peste 15 specii diferite din acest gen, C. Inițial, izolatele de la oameni au fost clasificate în două genotipuri de C. Genotipul uman de tip I paraziți apicomplexan protozoan genotipul de tip II bovinele. Care a prezentat diferențe clare în intervalul gazdă, invazia celulelor gazdă și genetica 3, 4, 5, 6.

paraziți apicomplexan protozoan los oxiuros pueden salir por la nariz

Aceste genotipuri sunt considerate acum specii discrete. Ambii paraziți sunt transmise pe căi fecale, alimentare și pe apă, iar cursul infecției depinde în mare măsură de starea imunologică a gazdei. Diareea apoasă auto-limitantă este frecventă la omul imunocompetent, dar persoanele imunocompromise, inclusiv persoanele cu SIDA, criptosporidioza reprezintă o boală intestinală care poate pune viața în pericol pentru care există opțiuni de tratament limitate sigure și eficiente disponibile 7.

Secvențele genomice ale tulpinii C. Nu au fost detectate inserații, ștergeri sau rearanjări semnificative și majoritatea diferențelor de lungime a cromozomilor se datorează lacunelor rămase din ansamblul actual al genomului 4. Specii suplimentare de Crypstosporidiuminclusiv C. Dintre acestea, secvența de tulpină de C.

Genomii C. Secvențele genomului din speciile rămase sunt reprezentate de contiguri paraziți apicomplexan protozoan cu cadre de citire deschise ORF identificate. Analiza empirică a ARN-urilor exprimate din diferite stadii ale C. Cu toate acestea, ambiguități în modelele genice ale tuturor acestor paraziți; adicălocurile de pornire și oprire a transcrierii, site-urile de pornire a traducerii, identificarea intronilor și limitele intron-exonului, necesită în mod clar îmbunătățiri semnificative.

Mai mult decât atât, este încă necesară optimizarea ansamblurilor acestor genomi, analize suplimentare care susțin adnotările genomului și identificarea și caracterizarea diferențelor dintre acești genomi care pot explica diferitele fenotipuri; adicăgama de gazdă, infecțiozitatea, patogeneza etc. De asemenea, este de remarcat faptul că C.

Alți patogeni protozoici; de exemplu, Trypanosoma cruzi și Toxoplasma gondiis-a dovedit că au activități modificate, unele dintre ele putând fi cauzate de modificări genetice, după întreținerea pe termen lung în condiții de laborator 13, Deși efectul pasajelor seriale paraziți apicomplexan protozoan modelele animale asupra compoziției genetice a Cryptosporidium spp.

Astfel, ar fi adecvată analiza unui izolat mai recent dintr-un eșantion uman.

paraziți apicomplexan protozoan identifica paraziții din materiile fecale umane

Aici, descriem analiza unui nou genom de referință C. Erorile de apelare genică inevitabile au ca paraziți apicomplexan protozoan lipsa unei traduceri corecte de pornire sau oprire a codonilor sau corecții corecte de splice pe unele dintre aceste gene. Pentru a corecta aceste erori pentru a permite o analiză comparativă a genomului mai eficientă și mai precisă, am compilat informații de secvență suplimentare pentru a construi modele de gene mai precise.

Mărimile medii ale acestor secvențe de ADNc au fost de nt pentru biblioteca de sporozoit și nt pentru biblioteca de oocist. Ulterior, datele transcriptomului ARN-seq au fost obținute dintr-o infecție in vitro de 48 de ore în timp de celule HCT-8 cultivate. Citirile rezultate au fost reunite și tratate ca un set de date unic. Citirile rămase, în mare parte din transcrierile celulelor HCT-8, au fost ignorate în acest studiu.

O medie de de citiri au fost mapate la fiecare genă C. Doar 89 de gene nu au fost reprezentate de nicio lectură în acest set de date ARN-seq. Acest set de date a fost folosit pentru validarea și îmbunătățirea modelelor genice ale C. Adnotarea îmbunătățită a genomului nostru IGA a identificat diferențele în numărul de gene, precum și conținutul de intron al genomului codificant al C. Medicament pentru curățarea organismului de paraziți a identificat 3.

Paraziți apicomplexan protozoan

Mai mult decât atât, paisprezece regiuni de codificare ale OGA au fost exoni aparținând genelor flancare în noua adnotare Tabelul suplimentar S1. Astfel, analiza noastră a identificat exoni suplimentari și introni suplimentari neobservați în adnotările anterioare. În general, genele cu introni au între 2 și 10 exoni, cu o medie de 2, 6 exoni pe genă Fig. Tabel cu dimensiuni complete Diagrame de bare care arată a Distribuția genelor cu introni în cromozomii C.

IGA albastru înseamnă pentru îmbunătățirea adnotării genomului această lucrare și OGA portocaliu pentru adnotarea originală a paraziți apicomplexan protozoan. Doar 54 de gene au avut cel puțin o lovitură sub pragul stabilit de e-valoare. Paraziți apicomplexan protozoan și șase dintre cele mai bune rezultate au fost cu genele C. În analiza PFAM, 1. Cu toate acestea, evaluarea ordinii secvențiale în care domeniile sunt legate în proteine; adicăarhitectura domeniului proteic PDAa identificat de noi PDA.

De asemenea, am găsit de gene în IGA cu cel puțin un cod CE, cu 2 mai multe decât au fost raportate în OGA, dar nu a fost observată nicio diferență în codurile CE atribuite fiecărui set de date.

Paraziți de veveriță roșie. Top citite acum Duminica, 21 Octombrieora Chiar daca animalul de companie poate fi un prieten fidel, cresterea lui implica si asumarea unor riscuri mai putin cunoscute.

Un total de 2. Caracterizarea genetică a unui izolat columbian C. După confirmarea microscopică a infecției cu Cryptosporidiumoocistii s-au îmbogățit prin flotarea diferențială cu clorură de sodiu.

Apicomplexa: caracteristici, taxonomie, subgrupe, morfologie Apicomplexa Roptrie - Wikipedia Apicomplexan paraziți complex apical Principal biologie Apicomplexa: caracteristici, taxonomie, subgrupe, morfologie Apicomplexa este un fenomen de anti-testare unicelulară care include aproximativ de specii, toți paraziți alveolați. Uploaded by Multe dintre aceste specii sunt de importanță medicală și economică.

Pentru a genotip izolatul, a fost efectuată o analiză filogenetică cu secvența de nucleotide a genelor extrem de polimorfe HSP70 și GP O analiză filogenetică care se alătură vecinului folosind secvența parțială de nucleotide HSP70 a confirmat că aceasta a fost un izolat de C. Topologia arborelor dedusă utilizând gena GP60 a indicat faptul că acest izolat C. Reconstrucția noastră filogenetică a arătat că C.

În schimb, C. Arbore filogenetic paraziți apicomplexan protozoan pe secvența parțială a genei GP60 din diferite izolate de C. Arborele a fost construit prin metoda Neighbor-Joining și 1 de replici de bootstrap. Sunt afișate valori de bootstrap peste 50 de ani.

Arborele paraziți apicomplexan protozoan fost înrădăcinat cu secvența GP60 de C. Imagine completă Adunarea și adnotarea genomului Cryptosporidium hominis UdeA01 Aproximativ 12 × 10 6 oociste s-au îmbogățit prin flotarea diferențială a oochistelor C. Asamblarea din nou a acestor citiri a dus la Acest set de contiguri însumează un număr total de 9, 05 milioane de baze, iar parametrii de bază ai acestuia pot fi găsiți în tabelul 2. Tabel cu dimensiuni complete Presupunând sinteza completă a genomului raportată între C.

În timpul procesului de schele contig am observat două incongruențe structurale între C. Prima implică o regiune inversată în cromozomul 2. În această regiune, referința C. În ansamblul nostru de cromozomi, regiunea inversată a îmbinat ambele modele paraziți apicomplexan protozoan gene într-o singură genă. Această regiune prezintă mai multe lacune și o întindere cu baze ambigue în referința C.

Deși această regiune a fost asamblată în mai multe contiguri în C. Aceste incongruențe au fost confirmate prin PCR folosind primerii care vizează ambele capete ale contigurilor implicate în joncțiunile conflictuale.

Tratament Criptosporidioza umana este determinata de infectia cu Apicomplexa protozoans din genul Cryptosporidium. Boala umana se considera a fi cauzata de o singura specie, dar studii moleculare recente au demonstrat ca sunt citeva specii diferite ce determina criptosporidioza umana. Printre speciile frecvente se numara Cryptosporidium hominis, pentru care oamenii reprezinta gazda naturala, Cryptosporidium parvum, care infecteaza bovinele ca si oamenii. Criptosporidioza afecteaza mai ales copiii.

Mazurie și colaboratorii au raportat observații similare atunci când au comparat C. Genomul rezultat al C. Reprezentarea grafică a cromozomilor C. Cercurile de la exterior la interior reprezintă: cromozomii gri ; histograma de acoperire citită în ferestre cu dimensiunea de 10 kb roșu ; CDS înainte albastru ; invers CDS albastru ; C. Barele negre din cercul cromozomilor reprezintă lacunele rămase.

Trei bare roz reprezintă regiunea telomerică unde s-a ajuns.

10 boli pe care le-ai putea lua de la animalul tau de companie

Barele roșii peste cercurile CDS reprezintă localizarea a unsprezece gene ale C. Imagine completă Oocistii izolați direct de la un om infectat pot oferi posibilitatea de a analiza prezența unui amestec diferit de clone de paraziți Cryptosporidium.

În acest scop, a fost măsurată variația de secvență din setul de date citite de Illumina. Acest lucru sugerează că un posibil amestec de genotipuri este prezent la acest pacient columbian, cu toate acestea numărul este mult sub studiile anterioare, paraziți apicomplexan protozoan au fost analizate două izolate de C. Interesant este că în acele poziții cu o alelă alternativă, proporția de citiri care susțin referința și alternativa au fost inegale, cu un raport media apropiat de 1: 3 în favoarea referinței figura suplimentară S3.

Analiza detaliată a pozițiilor SNP a arătat că referința genomului prezentat de C. Datele obținute nu susțin ipoteza conform căreia eșantionul voluntar ar fi supus unui amestec de tulpini multiple de paraziți.

paraziți apicomplexan protozoan sirop medicamentos viermi copii

Mai degrabă, rezultatele se potrivesc mai bine posibilității ca cel mult două clone foarte similare să fie prezente, dar una este predominantă și este papilom pe interiorul coapsei în referința genomului C. Cei opt cromozomi au un total de 3. Această diferență s-ar putea datora excluderii secvențelor CDS care conțin lacune și gene conținute în contigii neatribuiti.

Un total de 3.

Apicomplexan paraziți complex apical

În plus, 11 secvențe de codificare a proteinelor care nu sunt prezente în C. Aceste CDS sunt localizate în principal în regiunile cromozomiale unde contigurile noastre depășesc C. Pentru o descriere mai detaliată a acestor gene, a se vedea Tabelul 3. În această regiune, ansamblul nostru nu prezintă nici lacune, nici ambiguități, în timp ce referința C. Ansamblul genomului C. Analiza comparativă a genomului între tulpinile de C. În această analiză, am inclus genomii disponibili pentru publicul C.

Între aceste tulpini s-au găsit o sută cincizeci și două de SNP, inclusiv regiuni de codificare și care nu codifică, spre deosebire de 1. Pe de altă parte, procentul de substituții non-sinonime între tulpinile de C. Una dintre limitările acestei analize comparative este lipsa unei adnotări sigure în genomele de referință disponibile ale C. Paraziți apicomplexan protozoan, pentru a detecta genele extrem de divergente între tulpinile de C.

Folosind această abordare, am respiratie urat mirositoare halena 77 de gene extrem de divergente între C.

Un test exact pe două cozi de Fisher al termenilor asociați Ontologiei genelor asociate acestor gene a arătat o reprezentare excesivă a termenilor: ribozom valoare p 0,constituent structural al ribozomului valoare p 0,traducere p-valoare 0, și legarea ionului metalic valoarea p 0, ; în timp ce termenii de activitate hidrolază valoarea p 0, și legarea ATP valoarea p de 0, erau sub reprezentat fig.

Asevedeași